Bien loin de l'effervescence constante des étages supérieurs, se trouvent, baignés dans une lumière froide et blanche, les sous-sols. On retrouvera ici les geôles d'isolement et de quarantaine, les usines où travaillent dur les ouvriers sans relâche, mais aussi les bassins servant à élever les poissons et autres créatures marines qui serviront à nourrir, eux aussi, les habitants du complexe. C'est généralement un endroit où vous n'irez jamais à moins d'y travailler. Même les escaliers permettant d'y accéder sont dissimulés, et les divers ascenseurs permettant de se rendre d'un endroit à un autre du complexe ne vont pas jusqu'aux sous-sols.